המרכז פועל במסגרת עמותה רשמית שהוקמה בשנת 1989  (ע”ר 580145381), “קרן המרכז העולמי לקהילות יהודי צפון אפריקה מיסודו של ועד העדה המערבית בירושלים”

מטרת הקרן – הקמת מרכז עולמי לתיעוד, שימור, לימוד וטיפוח מורשת יהדות צפון אפריקה בישראל, אשר יוקם בשכונת המוגרבים.

לצורך הקמת המרכז התאספו תורמים יקרים שליוו אותו ותרמו בנדיבות מכספם מראשית הקמתו ועד פתיחת שעריו לציבור הרחב.

כיום, לאחר שהושלמה מלאכת הקמת בניין הקבע של מרכז המורשת, ממשיכה העמותה לפעול ולגייס כספים למען הבטחת קיום המרכז ופיתוחו באמצעות ייזום, הקמה וקיום מפעלים לשימור והפצת המורשת 

לצורך הגשמת מטרות הקרן נערכות מגביות, התרמות וגיוס משאבים בדרכים שונות.